L'utilisation de l'aubier de tilleul à des fins médicinales est déconseillée pendant la grossesse et l'allaitement, déconseillée chez les enfants et adolescents de moins de 18 ans sans avis médical.
En raison de son utilisation traditionnelle pour stimuler la sécrétion biliaire, l'aubier de tilleul est déconseillé en cas d'obstruction des voies biliaires, de calculs biliaires ou de maladie hépatique sans avis médical.
La prudence est recommandée chez les personnes souffrant d'insuffisance rénale ou cardiaque, notamment lorsqu'une restriction des apports hydriques est nécessaire.
En cas de traitement diurétique ou de traitement médicamenteux régulier, demander conseil à un professionnel de santé avant toute utilisation prolongée.
L'aubier de tilleul est contre-indiqué en cas d'allergie connue au tilleul ou à ses constituants.