L'utilisation du radis noir à des fins médicinales est déconseillée pendant la grossesse et l'allaitement, ainsi que chez les enfants, faute de données suffisantes sur sa sécurité.
Il est contre-indiqué en cas d'obstruction des voies biliaires. En présence de calculs biliaires ou d'une maladie du foie ou de la vésicule biliaire, un avis médical est nécessaire avant toute utilisation.
La prudence est recommandée chez les personnes souffrant de gastrite, d'ulcère ou d'irritations digestives, car le radis noir peut accentuer les inconforts gastro-intestinaux.
Une consommation excessive peut provoquer des ballonnements, des douleurs abdominales ou des diarrhées.
Ne pas consommer en cas d'allergie connue au radis noir ou à ses constituants.