La reine-des-prés est contre-indiquée en cas d'allergie aux salicylés, notamment à l'aspirine, ou d'hypersensibilité connue à cette plante.
Son utilisation est déconseillée pendant la grossesse et l'allaitement, ainsi que chez les enfants et adolescents de moins de 18 ans, faute de données suffisantes sur sa sécurité.
La prudence est recommandée chez les personnes présentant un ulcère gastrique, des troubles de la coagulation ou une maladie rénale.
En raison de sa teneur en dérivés salicylés, elle ne doit pas être associée à l'aspirine ou à d'autres médicaments anti-inflammatoires sans avis médical. Un avis professionnel est également nécessaire en cas de traitement anticoagulant ou antiagrégant plaquettaire.