Les graines de lin sont contre-indiquées en cas d'occlusion intestinale, de rétrécissement du tube digestif, de troubles de la déglutition ou de maladies de l'œsophage.
Leur utilisation est déconseillée en cas de douleurs abdominales inexpliquées, de saignements rectaux ou de modification inhabituelle et persistante du transit sans avis médical.
Une hydratation suffisante est indispensable afin d'éviter tout risque d'obstruction digestive. Ne jamais consommer les graines sèches sans liquide.
Par précaution, leur utilisation à des fins médicinales est déconseillée pendant la grossesse et l'allaitement, ainsi que chez les enfants de moins de 12 ans sans avis médical.
Espacer la prise de graines de lin et celle des médicaments d'au moins 30 minutes à 1 heure, car leur richesse en mucilages peut modifier l'absorption de certains traitements.
Ne pas consommer en cas d'allergie connue aux graines de lin.